Ciertos factores nos inducen a estimar una existencia muy antigua de esta localidad. Habitada la región madrileña por el hombre prehistórico, con preferencia de asentamientos en las riberas de los ríos, los arenales de la ribera del Jarama, tanto en las proximidades de Alcobendas como en las poblaciones limítrofes, se han encontrado vestigios y muestras líticas datadas en el Paleolítico. De estos primitivos pobladores se ha tenido testimonio en unas pequeñas cuevas situadas en término alcobendense, en la vega del arroyo de Las Zorreras, en la zona del aeropuerto de Madrid-Barajas. Avanzando en el tiempo, aparte de las teorías que explican un origen musulmán del nombre de Alcobendas, se han encontrado algunos restos que nos hablarían de un pasado alcobendeño bajo la dominación musulmana. Se conjetura con que el ábside de la
iglesia parroquial de San Pedro pudiera ser parte de los restos de una de las atalayas vigías musulmanas construidas en el
siglo X a lo largo de la vega del Jarama en lugares estratégicos, como las de El Vellón, Venturada o El Berrueco, que aún se mantienen en pie. La primera referencia histórica sobre Alcobendas proviene de los albores del
siglo XIII en un documento escrito en latín y fechado en
Burgos el
5 de agosto de
1208, conservado en el Archivo Municipal de
Segovia. La adscripción de Alcobendas al territorio de la villa de Madrid venía confirmada por este diploma en el que el rey
Alfonso VIII hacía deslinde y fijaba los límites de los territorios de los concejos de Madrid y Segovia como consecuencia de la comisión dada para ello a un alcalde real o juez llamado Minaya.
Tras la batalla de Montiel, en
1369, Enrique II el de las Mercedes donó a
Pedro González de Mendoza el señorío de Alcobendas secesionándolo del alfoz de Madrid, junto con Barajas y Cobeña en respuesta al apoyo que Madrid había prestado a su hermano
Pedro I el cruel. Desde tal año y hasta el
1453 perteneció Alcobendas a la familia de los poderosos Mendoza. En el año 1
514 don
Íñigo López de Mendoza, marqués de Santillana, permutó Alcobendas por la villa de Torija a Gonzalo de Guzmán, conde de Gelves. Éste permutaría su señorío sobre Alcobendas a Diego Romero, alcalde mayor de Toledo, por la villa vallisoletana de Valdenebro en 1454, para permutarlo éste, a su vez, en
1457 por la villa toledana de Carmena a Diego Arias Dávila, contador mayor real del rey Enrique IV. Desde entonces, y hasta la supresión de los señoríos jurisdiccionales en el siglo XIX, Alcobendas perteneció a la familia Arias Dávila, más adelante
Condes de Puñonrostro. Limita al norte con el municipio de
San Sebastián de los Reyes, cuyo linde consiste en gran parte de sus límites en cruzar una calle, al oeste y al sur con
Madrid, y al este con
Paracuellos del Jarama.
Además del casco urbano, en su término municipal también se ubican las áreas residenciales de La Moraleja, El Soto, Arroyo de la Vega y una parte del Encinar de los Reyes (a veces, erróneamente, se consideran como municipios independientes, cuando realmente constituyen el barrio "Urbanizaciones"). Asimismo cuenta con importantes áreas industriales, comerciales y de ocio.
Desde los años 60 se convirtió en una
ciudad dormitorio de la periferia de Madrid.
Con la llegada de la democracia ha ido creciendo de manera constante hasta convertirse en una de las ciudades más importantes de la Comunidad de Madrid